Temeljna organizacijska struktura zavoda je določena v Statutu Zdravstvenega doma Šmarje pri Jelšah, opredelitev nižjih organizacijskih enot in sicer služb oziroma delovnih enot pa s Pravilnikom o notranji organizaciji in sistematizaciji delovnih mest. V skladu z organizacijsko strukturo zavoda, zdravstveni del dejavnosti opravljajo 4 temeljne organizacijske enote, nezdravstveni del pa ena.
Zdravstveni del dejavnosti tako opravljajo: 1. OE Splošna in družinska medicina, 2. OE Dispanzerska in specialistična dejavnost, 3. OE Nujna medicinska pomoč in dežurna služba, 4. OE Zobozdravstveno varstvo.
V okviru OE Splošna in družinska medicina so v skladu s potrebami vzpostavljene naslednje službe:
- Služba splošne in družinske medicine
- Patronažna služba in nega na domu
- Fizioterapija in MO služba
- Laboratorijska diagnostika
V okviru OE Nujna medicinska pomoč in dežurna služba deluje Reševalna služba. Nezdravstveni del dejavnosti opravlja OE Uprava.
Legenda:
- OE U: Organizacijska enota Uprava
- OE SDM: Organizacijska enota Splošne in družinske medicine
- OE DSD: Organizacijska enota Dispanzerske in specialistične dejavnosti
- OE ZV: Organizacijska enota Zobozdravstveno varstvo
- OE NMP: Organizacijska enota Nujna medicinska pomoč in dežurna služba
- Služba SDM: Služba splošne in družinske medicine
- DE ZSA: Delovna enota zdravniki splošnih ambulant
- DE SSA: Delovna enota sestre splošnih ambulant
OE, določena s statutom
Služba, določena s Pravilnikom o notranji organizaciji in sistematizacij delovnih mest